Il karate si è sviluppato ad Okinawa, isola dell'arcipelago giapponese, fra il sedicesimo ed il diciottesimo secolo, come evoluzione di tecniche di combattimento cinesi. L'arte cinese del combattimento fu introdotta a Okinawa attraverso tre canali complementari: il contributo di viaggiatori venuti dalla Cina, la trasmissione da parte dei cinesi residenti nell'isola e, in un periodo successivo, da parte degli abitanti di Okinawa che fecero il viaggio in Cina. Di questo primo periodo del karate restano solo nomi legati alle leggende, e nessun documento scritto.
E' con Sokon Matsumura (1809?-1899), Maestro di spada e guardia del re nella città di Shuri, che il karate passa dall'ambito della leggenda a quello della conoscenza storica. Il suo contributo consisterà nel sistematizzare l'arte segreta di Okinawa (to-de) e di integrarlo con l'arte cinese del combattimento e l'arte giapponese della spada. 
Le scuole, in questo periodo, erano espressione dei rispettivi tre maggiori villaggi dell'isola: 
la scuola Shuri-Te di S.Matsumura, la scuola Tomari-Te di Chotoku Kiyan (1870-1945); la scuola Naha-Te di Kanryo Higaonna (1852-1915).
Si usa questo metodo di classificazione perché inizialmente certi kata erano praticati in una città piuttosto che in un'altra, ma esistono varie eccezioni a questa regola: una è che alcuni kata non si prestano a questo tipo di classificazione, poiché non hanno caratteristiche che li colleghino strettamente alle tre città summenzionate, in altri casi lo stesso kata, era studiato in più di una città con delle varianti che caratterizzavano quella scuola.
Si ebbe così uno sviluppo dei kata secondo una suddivisione geografica, che influenzò le varie tecniche, secondo le tipologia del luogo.
A quei tempi l'allenamento consisteva nella ripetizione senza fine di un ristretto numero di kata; la regola di Asato era "un kata in tre anni". 
Non c'era allenamento di gruppo, ma il maestro insegnava individualmente ed aveva pochissimi allievi; spesso tecniche ed allenamenti erano mantenuti segreti.
Allievi di Higaonna furono: Miyagi Choyun (1888-1953), che poi fondò lo stile Goju-ryu, erede fedele dell'arte cinese. Il nome di questa scuola significa "forza-go- e cedevolezza-ju-" e riprende il terzo precetto del Bubishi, il libro tradizionale del Naha-Te. Mabuni Kenwa (1889-1952), allievo anche di A.Itosu, che fondò lo stile Shito-ryu. Il nome di questa scuola significa "la scuola nata dai due maestri Itosu e Higaonna".
Allievi di Matsumura furono: Anko Asato (1828-1906), Anko Itosu (1830-1915).
Anko Itosu e i suoi allievi Kentsu Yabu (1866-1937), Chomo Hanashiro (1869-1945), Chotoku Kiyan (1870-1945), realizzeranno la grande svolta della storia del karate, che darà forma al karate moderno come lo conosciamo ai nostri giorni. La sua idea è quella di modificare il karate classico per poterlo diffondere e integrare nel sistema educativo. Nel 1901 Itosu e Yabu riuscirono a far adottare il karate nelle scuole, come insegnamento di educazione fisica. Furono creati i Pinan, kata composti da movimenti semplici, il kata Naifanchi fu scomposto in tre parti, furono fatti cambiamenti nelle tecniche, venne considerevolmente attenuato l'aspetto combattivo per venire incontro alle esigenze della didattica nelle scuole. Furono anche introdotti quegli aspetti formali dell'allenamento cui siamo abituati oggi, come il fatto di eseguire gli stessi movimenti in gruppo.
Tutto ciò fu anche aspramente criticato. Il maestro Kaho Sai (1849-?) disse "Il karate del maestro Matsumura è autentico, ma quello di Itosu contiene moltissimi errori ......... gli adepti dello Shuri cominciano a praticare un karate sbagliato. Non c'è nemmeno più di che discutere su cosa sia il karate". Per contro il maestro Gima disse"........ Il maestro Itosu era un creatore, che ha saputo adattare il karate ai cambiamenti dell'epoca ......."
La genesi degli stili di karate contemporanei comincia in quest'epoca.

A questo punto una riflessione personale. Già a quei tempi c'era qualcuno che riteneva che non ci potessero essere cambiamenti nel karate e per contro c'era qualcuno che arricchiva, studiava, proponeva, modificava. Già allora la ricerca attenuava lo spirito combattivo, la rigidità dell'allenamento e si preoccupava di integrarsi nel sistema educativo scolastico. Già allora le diatribe tra i cultori della tradizione e gli innovatori. Qual'è il vero karate? Cosa difendono oggi i"tradizionalisti"? Il  karate tradizionale di Matsumura? Quello di Itosu? Quello di chi? Il karate ha subito tante di quelle modifiche, che nessuno conosce il karate tradizionale e quindi parlarne non ha  senso. 
Semplicemente ognuno pratica il karate insegnatogli da un maestro, che segue uno stile, una scuola, un'organizzazione e che troverà sempre qualcuno che dirà che quello non è il vero karate tradizionale. 
Il karate si è evoluto e guarda caso, anche il principale artefice del moderno karate italiano, il prof. Pierluigi Aschieri, si è preoccupato di  avere l'approvazione del sistema educativo scolastico italiano (vedi la convenzione con il Ministero della Pubblica Istruzione). 
Che tradizionalista. Ha fatto proprio il concetto di karate educativo di Itosu risalente a 100 anni fa! Ma noi per questo gli siamo grati.

Le scuole di karate a Okinawa sono abitualmente collocate in due grandi correnti: Shorin e Shorei. Si avanza l'ipotesi che entrambi i termini provengano dalla stessa denominazione "Shaolin" parola che foneticamente gli okinawesi, nel loro dialetto, hanno captato ora "Shorin" ora "Shorei". Le radici della diversità delle scuole di karate di Okinawa risalirebbero alla diversità delle correnti dello Shaolin quan in Cina. Tuttavia, fino a ora, nessuno ha potuto precisare come e quando queste due correnti o scuole si siano formate a Okinawa, né la loro relazione esatta con le scuole cinesi.
Funakoshi tenta di precisare la distinzione tra queste due correnti: "……. se i kata devono essere classificati, si può, in maniera molto generale, distinguere due grandi gruppi: quelli che appartengono allo Shorei-ryu (scuola Shorei) e quelli che appartengono allo Shorin-ryu (scuola Shorin).
Il primo mette l'accento sullo sviluppo della forza fisica e della potenza muscolare; è sorprendente per l’impressione di forza che sprigiona.
Al contrario, la scuola Shorin è molto leggera, e richiama senz'altro il rapido volo del falco".
Alla scuola Shorei appartengono lo Shotokan-ryu e il Wado-ryu di Hironori Otsuka (1892-1982), uno dei primi studenti giapponesi di Funakoshi.. Alla scuola Shorin appartengono lo Shito-ryu, il  Goju-ryu e l’Uechi-ryu di Uechi (1877-1948).

Nel 1921 il Principe Imperiale venne in visita ad Okinawa e per lui fu organizzata una dimostrazione di karate, che lo colpì molto. L’anno successivo ci fu un invito a tenere una dimostrazione in Giappone. Funakoshi fece una dimostrazione a Kyoto e poi a Tokio, su invito di Jigoro Kano, il creatore del judo. Durante queste prime dimostrazioni fu introdotto il karategi, copiando l'aspetto di quello del judo, poiché ad Okinawa non c'era un abito particolare per praticare il karate. Dopo la dimostrazione, il maestro Kano incoraggia Funakoshi a diffondere 1'arte del suo paese e quindi all'età di 53 anni, Funakoshi lascia Okinawa e si stabilisce a Tokyo, dove iniziò ad insegnare karate presso le università. In capo a due - tre anni, con l’appoggio degli studenti universitari che formano molti club di karate, si crea un canale di diffusione molto importante ed il numero di allievi aumenta. In questo periodo (1924) furono introdotti nel karate i gradi (dan e kyu). Dopo Funakoshi anche i maestri Miyagi e Mabuni andarono in Giappone.

Anticamente il termine karate era scritto con gli ideogrammi to de «la mano (de oppure te) della Cina (to)». In giapponese il legame tra il carattere scritto e il suono non è così diretto come nelle scritture fonetiche. Spesso esistono diverse pronunce per lo stesso ideogramma e lo stesso suono può corrispondere a più ideogrammi. L'ideogramma to si pronuncia anche kara. L'uso della pronuncia kara permetteva di giocare su un doppio senso, poiché il suono kara in giapponese significa anche «vuoto», ma è scritto con un altro ideogramma. Verso il 1930 Funakoshi comincerà a trascrivere kara con l'ideogramma che significa «vuoto», richiamando il concetto del "vuoto mentale" della meditazione buddista; ciò gli consente anche di eliminare l'ideogramma «Cina» che non andava molto d'accordo col nazionalismo giapponese di inizio secolo.Dopo aver scelto gli ideogrammi, Funakoshi aggiunge al termine karate il suffisso do (via) e 1'arte si chiamerà d'ora in avanti karate-do, la via della mano vuota. Alcuni anni più tardi quasi tutti gli esperti adottarono questa terminologia, al di là dei diversi stili.

Funakoshi componeva fin da giovane delle poesie con lo pseudonimo di Shoto (fruscio della pineta) in ricordo delle passeggiate tra le pinete di casa sua. Quando nel 1938, all’età di 70 anni, con l’aiuto dei suoi allievi, costruisce il primo dojo di karate, sceglie il nome Shotokan (la casa -kan- nel fruscio della pineta). Questo nome sarà in seguito utilizzato per designare la sua scuola.

Funakoshi si trovò presto impegnato a spostarsi per il Giappone ad insegnare nelle diverse università, e quindi chiamò da Okinawa suo figlio Yoshitaka cui lasciò l'insegnamento all'università di Waseda e poi allo Shotokan.
Yoshitaka, dopo aver partecipato ad un incontro di combattimento libero con adepti di goju-ryu, dal quale uscì sconfitto, prese l'iniziativa di introdurre l'esercizio del combattimento libero nell'allenamento dello Shotokan, ed elaborò tecniche di maggiore ampiezza e dinamismo. Introdusse i calci laterali e circolari (yoko-keri e mawashi-keri) e pose ancor più l'accento sulla forza ed efficacia delle tecniche. Il suo atteggiamento di ricerca dell'efficacia nel karate scavò un fossato tra lui e suo padre, acuendo il divario tra i modi di praticare e di insegnare il karate, tanto dal punto di vista tecnico che morale.
Lo Shotokan che oggi viene praticato, è il karate di Yoshitaka, molto diverso da quello del padre.

Nel 1945 il dojo Shotokan è annientato sotto i bombardamenti americani. La guerra termina, lasciando il Giappone in un disordine desolante, pur tuttavia gli studenti riprendono l'allenamento. Nel 1947 Yoshitaka muore. G. Funakoshi, a 80 anni, ritorna a Tokyo ed i suoi allievi si raggruppano per riformare la scuola Shotokan. Nel 1949 si costituisce la Japan Karate Association (J.K.A.) con alla testa Gichin Funakoshi. Sembra, per un momento, che l'unità della scuola Shotokan sia ristabilita, ma dagli inizi degli anni Cinquanta, le divergenze di opinione sui modi di praticare e di insegnare il karate, suscitano conflitti.
Gichin Funakoshi muore nel 1957, all'età di 89 anni.

Alla morte di Funakoshi, lo Shotokan si divide in tre scuole:
la Japan Karate Association che è la scuola più conosciuta al di fuori del Giappone. I kata vengono eseguiti con gesti ampi, il corpo in posizione bassa, le gambe ben divaricate. Vengono ricercate un'espressione di potenza e una certa estetica del movimento, con variazioni di ritmo.
lo Shotokai-ryu di Shigeru Egami (1912-1981). Shotokai significa "Associazione (kai) di Shoto" e in origine le due denominazioni Shotokan e Shotokai identificavano lo stesso gruppo di persone. Nel corso della loro evoluzione sono diventate due scuole diverse.
I Gruppi Universitari nei quali fin dall'inizio si è sviluppato lo Shotokan, ognuno con la propria tradizione e organizzazione. L'università Waseda è la prima in cui Funakoshi ha insegnato.